Vatnajökulsþjóðgarður var stofnaður 7. júní 2008. Þjóðgarðurinn er nú um 12.000 km2 að stærð sem þýðir að hann er stærsti þjóðgarður Evrópu en væntingar eru um að hann muni stækka enn meira á komandi árum. Landssvæði þjóðgarðsins er einstakt á heimsvísu. Þar er að finna síkvikt samspil jökla og eldvirkni, jökulhlaupa, eldgosa og jarðhita. Jarðfræðileg fjölbreytni er óvenjulega mikil og innan væntanlegra þjóðgarðsmarka er að finna afar sjaldgæfar landslagsheildir, m.a. ósnortin víðerni.
Með stofnun Vatnajökulsþjóðgarðs eru Íslendingar að ráðast í stærsta náttúruverndarverkefni þjóðarinnar frá upphafi. Stofnun þjóðgarðsins er einnig eitt stærsta atvinnusköpunar- og byggðaþróunarverkefni sem stjórnvöld hafa tekist á hendur í þessum hluta landsins.
Vatnajökulsþjóðgarður mun í fyrstu ná til alls þjóðgarðsins í Skaftafelli svo og þjóðgarðsins í Jökulsárgljúfrum auk nánast alls Vatnajökuls og helstu áhrifasvæða hans að vestan, norðan, austan og sunnan. Meðal þess eru Lakagígar, Tungnafellsjökull, Vonarskarð, Hágönguhraun og Veiðivatnahraun, vestan Vatnajökuls og Vesturöræfi, Snæfell, Eyjabakkar og hluti Hrauna norðan hans. Land í Vatnajökulsþjóðgarði er að mestu í eigu ríkisins, en nokkur landsvæði í einkaeigu urðu hluti af þjóðgarðinum við stofnun hans. Auk þess hefur stjórn þjóðgarðsins tekið að sér, í umboði Umhverfisstofnunar, rekstur nokkurra friðlýstra svæða í nágrenni hans; svæða sem í framtíðinni er reiknað með að verði hluti Vatnajökulsþjóðgarðs.
Hugmyndafræði Vatnajökulsþjóðgarðs felur í sér ýmis nýmæli. Verndarviðmið þjóðgarðsins munu lúta reglum IUCN, Alþjóðlegu náttúruverndarsamtakanna, og er verið að vinna verndaráætlun í samræmi við þær. Það þýðir að svæði geta fallið í sex mismunandi verndarflokka, allt frá alfriðun, svæði þar sem áhersla er lögð á útivist og ferðamennsku, til svæða þar sem hefðbundnar nytjar (t.d. beit og veiðar) verða leyfðar.
Þjóðgarðurinn skiptist í fjögur rekstrarsvæði sem lúta svæðisráðum, en þau eru yfirstjórn til ráðgjafar um þau málefni sem lúta að viðkomandi svæðum, allt frá ráðningu þjóðgarðsvarða til gerðar verndaráætlunar. Afar mikil áhersla er lögð á aðkomu heimamanna að stjórn og rekstri þjóðgarðsins.