Kvennabókmenntir og kynjafræði hafa verið sérsvið Soffíu Auðar í marga áratugi. Hún hefur skrifað fjölda greina, haldið fyrirlestra, kennt námskeið og gert útvarpsþætti á þessu sviði.
1987 tók hún saman sýnisbókina Sögur íslenskra kvenna 1879-1960 og skrifaði eftirmálann „Skyldan og sköpunarþráin. Ágrip af bókmenntasögu íslenskra kvenna“ sem einnig var gefinn út í sérprenti. Þá skrifaði Soffía Auður nokkra kafla í Norræna kvennabókmenntasögu sem kom út í 5 bindum á árunum 1993-1998. Árið 2019 sá Soffía Auður (ásamt Ævari Kjartanssyni) um 9 þátta útvarpsþáttaröð á ríkisútvarpinu með yfirskriftinni „Fræði og femínismi“ þar sem rætt var við fræðimenn á ólíkum sviðum um áhrif femínisma á mismunandi fræðigreinar.