Doktorsvörn í líffræði - Sheeba Santhini Basil

Doktorsefni: Sheeba Santhini Basil

Heiti ritgerðar: Sameindagreining á himnuskóf (Peltigera membranacea) með kjarnsýruraðgreiningu og lýsing á nýrri fléttutegund, foldarskóf (Peltigera islandica)

Andmælendur:
Dr. Imke Scmitt, prófessor við deild um vistfræði, þróunarfræði og fjölbreytileika, Goethe háskólanum í Frankfurt, Þýskalandi.

Dr. Kristinn P. Magnússon, prófessor við auðlindadeild Háskólans á Akureyri.

Leiðbeinandi: Dr. Ólafur S. Andrésson, prófessor við Líf- og umhverfisvísindadeild Háskóla Íslands.

Einnig í doktorsnefnd:

Dr. Vivian P. W. Miao, sérfræðingur við örveru- og ónæmisfræðideild Háskólans í Bresku Kólumbíu, Kanada.
Dr. Zophonías Oddur Jónsson, prófessor við Líf- og umhverfisvísindadeild Háskóla Íslands.
Dr. Ólafur Héðinn Friðjónsson, faglegur leiðtogi könnunar og hagnýtingar erfðaauðlinda hjá Matís

Doktorsvörn stýrir: Dr. Anna Dóra Sæþórsdóttir, prófessor og deildarforseti Líf- og umhverfisvísindadeildar Háskóla Íslands.

Ágrip

Fléttur eru vel þekkt dæmi um samlífi sem báðir aðilar hafa gagn af. Blábakteríur eða grænþörungar sjá um ljóstillífun en sveppurinn er af oftast af fylkingu asksveppa. Sveppirnir veita blábakteríunum skjól, næringu og raka, en fá á móti nýtanlegt kolvetni og nitur. Sameindagreining getur veitt innsýn í eðli samlífis hjá fléttum svo sem himnuskóf (Peltigera membranacea), en þar sem ekki er gerlegt að rækta fléttuna þarf að einangra stórsameindir svo sem kjarnsýrur og prótein úr sýnum fengnum beint úr náttúrunni. Hér er gerð grein fyrir erfðamengi svepphluta himnuskófar, ásamt greiningu á umritamengjum og DNA metýleringu. Erfðamengjabútarnir 3.033 eru samtals um 43 miljónir basapara með 44,4% G+C hlutfall. Sett voru saman umritasöfn úr alls 43 miljónum raða úr Illumina raðgreiningum. Söfnin voru fengin ur þrenns konar vefjum; þali, rætlingum og askhirslum, og frá þremur tímaskeiðum. Trinity samröðunarforritið gaf samtals 110.092 umrit með lengdir frá 200 til 18.258 basa. Upplýsingar um umrit voru síðan nýtt í forritinu AUGUSTUS til að útbúa glósað erfðamengi (Pmem v1.1) með 16.400 próteintáknandi genum ásamt upplýsingum um varðveitt amínósýrustef og líklega ensímvirkni (EC númer). Alls 2.505 afleidd prótein voru flokkuð á 112 efnaskiptaferla (KEGG – Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes). Lykilprótein heilkjörnunga voru greind með BUSCO (Benchmarking Universal Single-Copy Orthologs). Erfðamengi himnuskófar (Pmemv1.1) inniheldur 96,9% af BUSCO genunum. Þá leiddi leit með próteinum úr skyldum lífverum í ljós lykilgen í næringarnámi, samlífi, DNA metýleringu, RNA miðlaðri þöggun, glyoxalat ferlinu, melanín myndun og í ferlum kynæxlunar. Út frá þessu var lagt fram líkan fyrir flæði næringarefna (kolefni og nitur) í himnuskóf. Einnig benda fengnar upplýsingar til þess að himnuskóf sé einsleit (homothallic) og geti einnig fjölgað sér með hliðæxlun (parasexual). Tvö gen, lec-1 og lec-2, sem tákna prótein sem líkjast galektínum voru skoðuð og sýnt að þau hafa breytilega tjáningu. Blábakteríur í þali virðast hafa áhrif á tjáningu lec-1, en afurðir lec-2 hafa mjög breytilega amínósýruröð, sem bendir til sterkra valkrafta, sem samsvara þó ekki mismunandi gerð blábaktería í sambýlinu. Mikil cýtósín metýlering (~13.4%) er í erfðamenginu, en metýlering í útröðum og innröðum gena er um 2,7% og 8,2%. Í erfðamengið vantar genið rid, sem er lykilgen fyrir varnir gegn stökklum og endurteknum röðum, og engin merki fundust um basabreytingar af þess völdum. Þetta er fyrsta víðtæka rannsóknin á stórsameindum í fléttum með blábakteríum (cyanolichen) og leggur grunn að frekari sameindarannsóknum á þessu sviði. Í viðbót við ofangreindar rannsóknir fannst flétta sem við nánari skoðun reyndist vera ný tegund og var hún nefnd foldarskóf (Peltigera islandica).

Um doktorsefnið

Sheeba var fædd í Tamilnadu, Indlandi, dóttir G. Manoharan, sem starfaði fyrir Indlandsher, og M.L. Samathanam, húsmóður. Hún á yngri bróður, Marshall, sem er ráðgjafi í upplýsingatækni.

Sheeba lauk námi frá St. Joseph's Cluny Hr. Sec. framhaldsskólanum og útskrifaðist með láði með meistaragráður (M.Sc. Og M. Phil.) frá Bharathidasan háskóla, Indlandi. Áður en hún hóf nám við Háskóla Íslands vann hún nokkur ár sem fyrirlesari í Bangalore. Hún tók til starfa við rannsóknahóp Ólafs S. Andréssonar árið 2008 og hlaut styrk til framhaldsnáms frá Rannsóknasjóði H.Í. árið 2010 til að vinna að rannsóknum á umritunarmengjum og metýlun erfðaefnis í himnuskóf (Peltigera membranacea).

Sheeba er gift Dr. Basil Britto Xavier, nýdoktor við Háskólann í Antwerpen, og eiga þau dótturina Benita Samara Basil.

Viðburður á Facebook