Aðferðir í sameindalíffræði (LÍF118F)

Fyrirlestrar: Fræðilegur bakgrunnur helstu aðferða sameindalíffræðinnar og notkun þeirra við rannsóknir. Námsefni lagt fram af kennurum. Verklegar æfingar í sameindalíffræði: Tilraunalífverur; E.coli, S. cerevisiae, C. reinhardtii, A. thaliana, C. elegans, D. melanogaster, M. musculus. Vinnubækur og vinnuseðlar, rafrænt umhverfi. Ræktun og geymsla á bakteríum, sveppum, öðrum heilkjarna lífverum og frumum þeirra. Einangrun og greining á DNA og RNA, Southern og Northern blettun. PCR, RT-PCR, qRT-PCR, skerðiensím, raðgreining á DNA, gagnavinnsla og greining. Genaferjun og önnur erfðatækni í bakteríum, sveppum og öðrum heilkjörnungum. Framleiðsla, einangrun og greining próteina. Framleiðsla og notkun mótefna. Western blettun, ónæmislitun, geislavirkni. Notkun smásjár í sameindalíffræði.  Farið verður yfir aðferðafræði í nýlegum vísindagreinum. Ritgerðarverkefni: Ritgerð og erindi um valda aðferð. Ritun styrkumsóknar og hönnun tilrauna. Unnið sem hópverkefni framhaldsnema og lýkur með fyrirlestri og skilum á styrkumsókn.

Lokaverkefni (LVF442L)

Eðlisfræði þéttefnis 1 (EÐL520M)

Markmiðið er að kynna nemendum frumatriði í eðlisfræði þéttefnis. Námsefni: Efnatengi, kristallsgerð þéttefnis, samhverfa kristallsgrinda, nykurgrind. Titringshættir kristalla, hljóðeindir, eðlisvarmi kristallsgrindar, varmaleiðni. Frjálsar rafeindir, borðalíkan þéttefnis, virkur massi. Málmar, einangrarar og hálfleiðarar.  Þrjár verklegar æfingar.

Gæðastjórnun (IÐN101M)

Markmið: Nemendur fái skilning á uppruna og þróun gæðastjórnunar og hvernig fyrirtæki og stofnanir geta byggt upp stjórnkerfi á grundvelli alþjóðlegs gæðastjórnunarstaðals. Í námskeiðinu er meðal annars fjallað um gæðahugtakið, innri og ytri viðskiptavini, gæðabrag, umbótaferli, liðsvinnu, gæðakostnað og gæðahringhrás og samhengi gæðastjórnunar og hönnunar og notkun tölfræði í gæðastjórnun. Sérstök áhersla er lögð á umfjöllun um ISO9001 gæðastaðalinn og nemendur fást við hann í hópvinnu með því að skoða kröfur hans í samhengi við starfandi fyrirtæki.

Reiknigreind (IÐN102M)

Við hönnun á greind kerfa er þörf fyrir sjálfvirk kerfi sem læra að taka góðar ákvarðanir. Í námskeiðinu er kynnt fyrir nemendum reiknirit sem endurbætast sjálfvirkt með reynslu. Þessi reiknirit þurfa enga leiðsögn aðra en umbun fyrir teknum ákvörðunum. Hugmyndafræði er kölluð styrkingalærdómur (e. reinforcement learning) og er snertiflötur ólíkra fræða; aðgerðgreiningu, gervigreind og stýritækni. Að námskeiði loknu eiga nemendur að hafa færni í að setja upp, greina og leysa stærðfræðileg líkön sem standa fyrir ákvörðunarverkefnum. Tekin eru fyrir Markov-ákvörðunarferli, kvik-bestun, Monte-Carlo aðferðir, ákvörðunarstefnur, áætlanagerð og trjáleit, ásamt djúpum tauganetum. Nemendur kynnast einnig forritunarmálinu Python.

Aðgerðagreining 2 (IÐN508M)

Í námskeiðinu er nemendum kynnt hvernig gera á skipulega mynd af ákvörðunar- og bestunarverkefnum í aðgerðagreiningu. Að námskeiði loknu eiga nemendur að hafa færni í að setja upp, greina og leysa stærðfræðileg líkön sem standa fyrir raunhæfum verkefnum og hvernig meta eigi lausn þeirra á gagnrýninn hátt. Tekin er fyrir heiltölu og slembin verkefni (e. Integer Programming and Stochastic Programming). Nemendur kynnast líkangerð með Python.

Rannsóknir í sameindalíffræði og lífefnafræði (LÍF114F)

Námskeiðið er fyrir framhaldsnema og mikilvægur hluti af námi fyrir alla framhaldsnema á sviði sameindalíffræði. Námskeiðið skiptist í tvo meginhluta; kynningu á rannsóknargrein (journal club) og kynningu á rannsóknarverkefni nemandans (work in progress). Í kynningu rannsóknargreina velja nemar nýlega grein um áhugavert rannsóknarefni og kynna markmið og niðurstöður greinarinnar. Markmið er að læra að lesa greinar á gagnrýninn hátt og kynna fyrir öðrum. Nemendur eru spyrlar á kynningu greinar sem aðrir nemendur hafa valið. Ætlunin er að auka gagnrýna hugsun nemandans hvað varðar markmið rannsókna og aðferðir til að ná þeim. Í verkefniskynningu á nemandinn að kynna verkefni sitt með megináherslu á markmið verkefnisins, inngang, aðferðir sem eru notaðar, niðurstöður og áætlað áframhald í verkefninu. Markmið þessa er að nemandinn læri að segja frá verkefni sínu skýrt og skipulega. Verkefniskynningin leiðir oft til lausna á vandamálum sem upp hafa komið, vegna hugmynda og athugasemda frá öðrum nemendum og kennurum.

Námskeiðið er kennt á ensku bæði á haust- og vormisseri. Nemandinn má taka námskeiðið fjórum sinnum sem gefur samanlagt 8 ECTS.

Mætingaskylda er í námskeiðið.

Mannerfðafræði (LÍF513M)

Fyrirlestrar: Erfðaháttur og ættartré. Skipulag erfðaefnis mannsins. Litningar, litningabreytingar, litningagallar. Staðsetning gena. Sambandsgreining /Tölfræðileg nálgun. Erfðagreining. Flóknir erfðagallar, erfðir og umhverfi. Erfðir og krabbamein. Genalækningar. Þróun mannsins og skyldra tegunda. Siðferðileg efni tengd mannerfðafræði, upplýst samþykki og persónuupplýsingar. Gert er ráð fyrir að nemendur hafi almenna undirstöðu í erfðafræði.

Verklegt: Túlkun gagna úr erfðagreiningingum, unnið með tjáningargögn, greining gagna úr litningalitunum, unnið með gögn úr kortlagningu á erfðaþáttum.

Örverufræði II (LÍF533M)

Markmið námskeiðsins er að þjálfa nemendur í sjálfstæðum vinnubrögðum við rannsóknir og að kynna fyrir þeim hagnýt viðfangsefni er tengjast örverum. Námskeiðið er þrískipt. Í fyrsta hlutanum, viku 1-5, kynnast nemendur lífríki hverasvæða og vinna rannsóknarverkefni. Þeir munu safna sýnum og vinna sjálfstætt að einangrun, greiningu og lýsingu á bakteríustofnum.

Í öðrum hluta námskeiðsins verður fjallað um ýmis sérsvið líftækni og hvernig þau mótast vegna framfara og aukinnar þekkingar í örverufræði, erfðatækni og lífefnafræði. Tekið verður mið af íslenskum líftæknirannsóknum og farið í nýjungar í líftæknilegri aðferðafræði á eftirfarandi sviðum: Fjölbreytileiki og framleiðsla lífefna í örverum; skimunartækni (bioprospecting); hitkærar örverur, sjávarbakteríur og örþörungar, lífmassanýting (áhersla á þang og plöntulífmassa), lífmassaver (biorefineries), ensímtækni (fjölsykrusundrandi- og sykruumbreytingar-ensím), efnaskiptaverkfræði (erfðatækni, erfðamengjafræði; endurhönnun og betrumbætur efnaskiptaferla með erfðatækni), orkulíftækni (hönnun og endurbætur gerjunarferla með erfðatækni). Ræktunartækni og gersveppur sem framleiðslulífvera verða kynnt sérstaklega í verklegum tímum við bruggun á bjór.

Í þriðja hluta námskeiðsins er lögð áhersla á umhverfisörverufræði, sýnatökur, örverusamfélög og örveruþekjur, örverur í sjó, vatni og á þurru landi, loftgæði innanhúss og áhrif sveppa. Fjallað verður um sýkla í umhverfinu, áhættumat og eftirlit, líffræðilega hreinsun með hjálp örvera, metanframleiðslu og hlýnun jarðar. Farið verður í vettvangsferðir í sorphreinsistöðvar og skólphreinsistöðvar. Nemendur lesa og kynna efni sérvalinna rannsóknargreina í umræðutímum.

Fyrir utan kennslu á stundaskrá er gert ráð fyrir kennslu einn laugardag nálægt mánaðamótum september/október.

Örverur og líftækni (LÍF534M)

Markmið námskeiðsins er að kynna líftækni er byggir á nýtingu örvera og ensímum þeirra. Í fyrri hluta námskeiðsins er farið yfir grunnatriði örverufræðinnar, s.s. flokkun örvera, byggingu, efnaskipti, vöxt og starfsemi. Þeim er fylgt eftir í verklegum æfingum þar sem meðhöndlun örvera er kennd.

Í seinni hluta námskeiðsins verður fjallað um ýmis sérsvið líftækni og hvernig þau mótast vegna framfara og aukinnar þekkingar í örverufræði, erfðatækni og lífefnafræði. Tekið verður mið af íslenskum líftæknirannsóknum og farið í nýjungar í líftæknilegri aðferðafræði á eftirfarandi sviðum: Fjölbreytileiki og framleiðsla lífefna í örverum; skimunartækni (bioprospecting); hitkærar örverur, sjávarbakteríur og örþörungar, lífmassanýting (áhersla á þang og plöntulífmassa), lífmassaver (biorefineries), ensímtækni (fjölsykrusundrandi- og sykruumbreytingar-ensím), efnaskiptaverkfræði (erfðatækni, erfðamengjafræði; endurhönnun og betrumbætur efnaskiptaferla með erfðatækni), orkulíftækni (hönnun og endurbætur gerjunarferla með erfðatækni). Efnið verður kynnt í fyrirlestrum og nemendur fá þjálfun í lestri frumheimilda um sérvalin efni.

Ræktunartækni og gersveppur sem framleiðslulífvera verða kynnt sérstaklega í verklegum tímum við bruggun á bjór.

Námskeiðið er að hluta til samkennt með Örverufræði II (LÍF533M) og er ætlað fyrir nemendur sem ekki hafa lokið Örverufræði (LÍF201G) eða sambærilegu námskeiði.

Athugið að hugsanlega þarf að takmarka fjölda nemenda í námskeiðinu.

Fyrir utan kennslu á stundaskrá er gert ráð fyrir kennslu einn laugardag nálægt mánaðamótum september/október.

Umhverfisörverufræði (LÍF535M)

Kennsla fer fram í viku 1-5 og 11-14.

Markmið námskeiðsins er að kynna mikilvægi örvera í náttúrunni og manngerðu umhverfi. Í fyrri hluta námskeiðsins er farið yfir grunnatriði örverufræðinnar, s.s. flokkun örvera, byggingu, efnaskipti, vöxt og starfsemi, meðhöndlun og greiningu. Þeim er fylgt eftir í verklegum æfingum, umræðutímum og með verkefnum. Fyrri hlutinn er nauðsynlegur grunnur áður en farið er í sérsvið innan örverufræðinnar.

Í seinni hluta námskeiðsins er farið í sýnatökur í umhverfinu, örverusamfélög og örveruþekjur, örverur í sjó, vatni og á þurru landi, loftgæði innanhúss og áhrif sveppa. Fjallað verður um sýkla í umhverfinu, áhættumat og eftirlit, líffræðilega hreinsun með hjálp örvera, metanframleiðslu og hlýnun jarðar. Farið verður í vettvangsferðir í sorphreinsistöðvar og skólphreinsistöðvar. Nemendur lesa og kynna efni sérvalinna rannsóknargreina í umræðutímum.

Þetta námskeið er að hluta til samkennt með Örverufræði II (LÍF533M) og er ætlað fyrir nemendur sem ekki hafa lokið Örverufræði (LÍF201G ) eða sambærilegu námskeiði.

Fyrirlestrar verða í viku 1-5 og svo viku 11-14. Verkleg kennsla í viku 2-5 og vettvangsferðir og umræðutímar í viku 11-14.

Valið efni í lífverkfræði (LVF101F)

Farið er yfir valið efni í rannsóknum og þróun í lífverkfræði. Umfjöllunarefni er breytilegt milli ára

Læknisfræðileg myndgreiningarkerfi (RAF507M)

Kynning á grundvallaratriðum læknisfræðilegra myndgreiningartækja frá merkjafræðilegu sjónarhorni. Farið verður yfir tækjabúnaðinn, eðlisfræðina og merkjafræðina sem notuð er í röntgen, tölvusneiðmynd, geislamyndgerð (þ.e. SPECT og PET), sónar og segulómun (MRI).  Aðaláhersla verður lögð á fræðin hvernig myndir verða til í þessum tækjum, hvaða merki frá líkamanum er verið að mæla og hvernig merkið/mælingin er notuð til að búa til mynd. Auk þess verður fjallað um gæði myndanna í hverju tæki, þ. á m. upplausn, skerpu, SNR og bjögun.

Skýjaforritun og stórgögn (REI504M)

Yfirlit yfir forritun ofurtölva og stórgögn, umhverfi ofurtölva, tölvunet og gagnalausnir og samhliða forritun. Innviðir fyrir geymslu gagna og þjónustur fyrir stórgögn, greining fyrir stórgögn, ”map-reduce” aðferðarfræðin, formuð og hálfformuð gögn. Hagnýt verkefni: (A) Nemendur nota Amazon Web Services (AWS) skýið eða sambærilega lausn til að setja upp fjöltölvuvefþjónustu og samsvarandi kerfi fyrir prófun á henni. (B) Nemendur leysa verkefni á stórgögnum með ”map-reduce” aðferðafræði á AWS skýinu.

Hagnýtt línuleg tölfræðilíkön (STÆ312M)

Í námskeiðinu er fjallað um einfalda og fjölvíða aðhvarfsgreiningu ásamt fervikagreiningu (ANOVA) og samvikagreiningu (ANCOVA). Að auki er farið í tvíkosta aðhvarfsgreiningu (binomial regression) og rætt um hugtök því tengt, svo sem gagnlíkindi (odds) og gagnlíkindahlutfall (odds ratio).
Námskeiðið er framhald af dæmigerðu grunnnámskeiði í tölfræði sem kennd eru á hinum ýmsu sviðum skólans. Farið verður í aðferðir til að meta stika í línulegum líkönum, hvernig smíða má öryggisbil og kanna tilgátur fyrir stikana, hverjar forsendur líkananna eru og hvað hægt sé að gera sé þeim ekki fullnægt. Verkefni eru unnin í tölfræðihugbúnaðinum R.

Reiknirit í lífupplýsingafræði (TÖL504M)

Efni námskeiðsins eru helstu reiknirit sem notuð eru í lífupplýsingafræði. Í upphafi er stutt yfirlit yfir erfðamengjafræði og reiknirit fyrir nemendur af öðrum sviðum. Námskeiðinu er skipt upp í nokkrar einingar og er hverri ætlað að fara yfir einstök verkefni í lífupplýsingafræði sem mótast af rannsóknarverkefnum. Hver eining samanstendur af verkefnislýsingu og aðferðum sem beitt er við úrlausn. Viðfangsefnin verða m.a. mynstraleit, strengjafjarlægð, samröðun gena og erfðamengja, þyrpingagreining, raðgreining og myndun erfðamengja og að lokum aðferðir við úrvinnslu úr háhraðaraðgreiningar gögnum.

Himnutækni (UMV501M)

Markmið: Kynna fjölbreytta hagnýtingu á himnutækni, t.d. á sviði veitna (vatns- og fráveitur), umhverfismála, matvælaiðnaðar, lyfjaiðnaðar og efna/lífefnaiðnaðar. 

Efnisatriði: (1) Himnutækni sem lausn í iðnaðarframleiðslu (aðskilnaður og hreinsun fæðuefna, lyfja og efnavara) og í umhverfismálum (vatns- og skólphreinsun; stýringu loftgæða; endurheimt og endurnotkun næringarefna); (2) Hráefni í himnum, framleiðsla og aðlögun; (3) Eðlis-, efna- og vélfræðilegir eiginleikar himna og ákvörðun þeirra; (4) Flutningur og dreifing efna um himnur; (5) Örveruvöxtur á himnum og mótvægisaðgerðir; (6) Rekstrareiningar í himnukerfum (m.a. örsíun, fínsíun, nanósíun, öfug osmósa, framgeng osmósa, þrýstingshömluð osmósa, himnueimun, rafskiljun, gas aðskiljun) og hagnýting þeirra í iðnaði; (7) Samsett himnuferli og hagnýtingar; (8) Kerfishönnun himna.

Kennsluhættir: Fyrirlestrar, dæmatímar, verklegar æfingar og hópverkefni. Fyrirlestrar eru notaðir til að kynna fræðilega hluta himnutækni og hagnýtingar hennar á fjölbreyttum sviðum. Dæmatímar eru notaðir til að ræða og útskýra útreikninga og lausnir verkefna. Verklegar æfingar eru framkvæmdar í tilraunastofu til að kanna valin himnuferli og veita stúdentum verklega reynslu. Í hópverkefni framkvæma stúdentar heimildarýni á völdu efni sem tengist himnutækni, skrifa skýrslu og gefa munnlega kynningu á efninu. 

Námskeiðið hentar einnig stúdentum sem eru að sérhæfa sig í öðrum fögum en umhverfis- eða byggingarverkfræði, svo sem, efnaverkfræði, iðnaðarverkfræði, vélaverkfræði, lífverkfræði, matvælafræði.

Lokaverkefni: verkefnastjórnun, ritfærni og kynning (VON001F)

Námskeiðið fjallar um inngang að vísindalegum aðferðum, siðfræði vísinda í háskólasamfélaginu. Einnig verður farið í hlutverk nemanda, leiðbeinanda og prófdómara. Tekin verða fyrir árangursrík og heiðarleg samskipti sem og gerð fræðilegrar umfjöllunar með notkun gagnasafna og réttri heimildanotkun. Gerð rannsóknaráætlunar og rannsóknaðferðir verða kynntar og einnig hagnýt framsetning tölulegra gagna. Farið verður í verklag við gerð fræðiritgerða, hvernig skipta á stóru verkefni niður í smærri einingar, gerð áætlunar og tímalínu og hvernig á að fylgja þeim. Lífið eftir brautskráningu og vinnumarkaðurinn.

Lokaverkefni (LVF442L)

Inngangur að kerfislíffræði (LVF601M)

Kerfislíffræði er þverfaglegt svið sem rannsakar líffræðileg fyrirbæri byggt á samverkandi líffræðilegum þáttum. Í kerfislíffræði er sérstök áhersla lögð á það hvernig líffræðileg kerfi breytast yfir tíma. Í þessu námskeiði munum við fjalla sérstaklega um þá þætti kerfislíffræðinnar sem snúa að heilsu og sjúkdómum manna.

Þetta námskeið mun kynna 1) notkun líkana fyrir líffræðileg ferli (bæði genastjórnunarlíkön og efnaskiptalíkön); 2) frumulíffræðileg fyrirbæri sem stuðla að samvægi (e. homeostasis), t.d. þroskun vefja og seiglu örvera og 3) greiningu á sameindamynstri sem finnast í stórum erfðagreiningargögnum, sem tengjast sjúkdómum í mönnum og geta nýst í flokkun sjúklinga og uppgötvun lífmerkja. Þannig mun námskeiðið fjalla um notkun kerfislíffræðilegra aðferða á þremur helstu stigum líffræðinnar, þ.e. á sameindum, frumum og lífverum.

Námskeiðið felur í sér lestur og túlkun vísindagreina, útfærslu reiknirita, vinnslu á rannsóknarverkefni og kynningu á vísindalegum niðurstöðum.

Fyrirlestrar munu samanstanda af bæði (1) kynningu á grunnhugtökum kerfislíffræðinnar og (2) tölvukennslu þar sem Python forritunarmálið er notað. Námskeiðið verður kennt á ensku.

Inngangur að nanótækni (EÐL624M)

Fjallað verður um nanóagnir, nanóvíra og þunnar húðir. Ræktun þunnra húða þar með talið ræktunarhætti og flutningseiginleika í þunnum húðum. Greining nanóefna, ákvörðun á kristallagerð, agnastærð og formgerð yfirborðs þar sem beitt er smugsjá, kraftsjá, röntgengreiningu og rafeindasmásjám. Þróun rafeindatækni með sífelldri skölun smára, þar með talið MOSFET og finFET. Notkun kolefnis í nanótækni, graphene og kolrör. Lithography. Seguleiginleikar á nanó skala. Nanó-ljósfræði, plasmonics, metamaterials, möntull og ósýnileiki. Rafeindatækni sameinda.

Aðskilnaður efna (EVF401M)

Helstu hlutir stýrikerfa í efnaverksmiðju eru þrír. Í fyrsta lagi hvarfklefar. Í öðru lagi aðskilnaðarbúnaður. Í þriðja lagi varmaskiftar og hitarar.
Þetta námskeið fer yfir helstu hluti fyrir aðskilnað efna í iðnaði. Varmaskiptar verða einnig kynntir til sögunnar. Helstu fræðin í stýrikerfum sem og líkön af öllum megin hlutum í efnaferlinu verða kynnt. Nemendur munu herma mismunandi hluta í búnaði efnaferilsins í ferlahermunar forritinu Aspen. 

Nemendum verður kennt á forritið Aspen í námskeiðinu. Það er því mjög gott ef nemendurnir eru með Windows fartölvu eða Macintosh þar sem Windows stýrikerfið er einnig inn á.

Hönnun efnaferla (EVF601M)

Greinagóð kynning á hvernig tölvuforrit (eins og t.d. Aspen) er notað til að herma, hanna og besta ýmis konar efnaferla í efnaiðnaði. Kennt er hvernig hægt er að velja, besta, og setja saman efnahvarfklefa, sem og búnað til að aðskilja myndefni og búnað fyrir varmaskiptin í ferlinu. Kynnt verða hugtök og lögmál til að meta hagkvæmni efnaferilins.

Hönnun efnahvarfa (EVF602M)

Hönnun efnahvarfa og hvarfklefa þeirra fyrir efnaferli í efnaiðnaði. Undirstöðuatriði úr varmafræði, hraðafræði og flutningsfræðum eru notuð til að hanna efnahvörf í kerfum með og án efnahvata. Einnig eru grundvallaratriði í massaflutningi í tengslum við efnaverkfræðileg kerfi kynnt fyrir nemendum svo sem massavarðveislulögmálið og hvernig diffurjöfnur eru settar upp og leystar fyrir slík kerfi.

Nýsköpun og gerð viðskiptaáætlana (IÐN202M)

Markmið: Gera nemendur færa um að skilja eðli og ferli nýsköpunar, einkenni og virkjun frumkvæðis og skrifa viðskiptaáætlun fyrir tiltekna hugmynd. Fjallað verður um öll atriði er tengjast gerð viðskiptaáætlana. Þar er einkum um að ræða; hugmyndaleit, hugmyndamat og skilgreining á viðskiptahugmynd (þörf og lausn). Markaðsmál, sölumál og samkeppni varðandi hugmyndina og framsetning eftirpurnarfalls. Tæknin sem lausnin byggir á og tæknileg sérstaða lausnarinnar. Gerð framkvæmdaáætlunar fyrir tæknilega útfærslu lausnarinnar (verk- og tímaáætlun). Vernd hugverka og einkaleyfi. Gerð stofnkostnaðar- og fjármögnunaráætlunar. Gerð fjárhagsáætlana; rekstrar- og greiðsluáætlun ásamt áætlun um efnahagsreikning og arðsemis- og andvirðismat. Útreikningur ýmissa lykiltalna. Umfjöllun um stofnendur, eigendur og stjórnskipulag. Verkefnavinna: Þátttakendur vinna verkefni á grundvelli hugmyndaleitar og hugmyndamats. Verkefnin eru annað hvort sprottin úr hugmyndum þátttakenda eða tengjast starfandi fyrirtækjum. Verkefnin eru unnin í þriggja manna hópum og skila nemendur 4 áfangaskýrslum og verja verkefnin munnlega í lok misseris. Lokaskýrsla skal vera fullmótuð viðskiptaáætlun ásamt arðsemismati og tillögum um hvernig verkefninu skuli hrint í framkvæmd.

Frumulíffræði II (LÍF614M)

Áherslan er á rannsóknagreinar. Nýlegar rannsóknir á ýmsum sérsviðum frumulíffræði verða til umfjöllunar og er það breytilegt hverju sinni. Fyrir hvern fyrirlestur eru lagðar mest fram þrjár greinar.

Hver nemandi hefur framsögu um eina nýlega rannsóknargrein þar sem ítarlega er gert grein fyrir aðferðum og niðurstöðum. Nemandinn skrifar ritgerð um rannsóknargreinina og ræðir túlkun niðurstaðna á gagnrýninn hátt.

Dæmi um sérsvið sem hefur verið fjallað um: Náttúrulegt ónæmi, príon, pontin og reptin próteinin, skautun þekjufruma, þroskun loftæða, gagnagreining á genatjáningargögnum, sjálfsát, uppruni kjarnans.

Valið efni í lífverkfræði (LVF201F)

Farið er yfir valið efni í rannsóknum og þróun í lífverkfræði. Umfjöllunarefni er breytilegt milli ára

Vísindi og nýsköpun í heilbrigðistækni (RAF615M)

Í námskeiðinu kynnast nemendur hagnýtingu á rafmagns- og tölvuverkfræði í læknisfræði og heilbrigðistækni.  Fengnir verða gestafyrirlesarar úr fyrirtækjum landsins, sem sérhæfa sig í notkun rafmagns- og tölvuverkfræði við lausn vandamála á sviði læknisfræði og heilbrigðistækni. Nemendur fá þannig að kynnast þróun og nýsköpun, sem er í fararbroddi á sviðinu. Fjallað verður m.a. um merkjafræði og myndgreiningu í læknisfræði og erfðafræði, merkjafræði og skynjara m.a. í tengslum við svefn og merki taugakerfisins, stoðtækni, gervigreind, o.fl.  Að lokum fá nemendur tækifæri til að þróa og vinna að eigin rannsóknarhugmynd þar sem verkfræðilausnum er beitt til að leysa læknisfræðileg vandamál. Í gegnum verkefnið fá nemendur að kynnast skrifum og kynningu rannsóknaáætlana og styrkumsókna, sem snúa að rannsóknum bæði í iðnaði og háskólum.

Forritun ofurtölva (REI204M)

Hönnun samhliða tölva og ýmis líkön af forritun þeirra. Högun tölva út frá samnota minni og út frá dreifðu minni með skeytaflutningi. Samhliða forritun tölvuklasa með MPI og samhliða forritun fjölkjarna tölva með OpenMP. Samhliða reiknirit við röðun, leit og ýmis verkefni í línulegri algebru og netafræði.

For a longer description refer to the English page.

Course topics will be very similar like HPC in Fall 2019:

http://www.morrisriedel.de/hpc-course-fall-2019

Lífsferill gervigreindarlausna (REI603M)

Í þessu námskeiði kynnumst við lífsferli gervigreindarlausna og hvernig þróa á rekstrarhæfar lausnir.

Við förum yfir eftirfarandi skref lífsferilsins:
- Gagnasöfnun og undirbúningur gagna
- Breytuval
- Þjálfun líkana
- Mat á gæðum líkana
- Líkön sett í rekstur
- Líkön sem þjónustur
- Hvernig vakta á líkön
- Hvernig viðhalda á líkönum
Yfir misserið verða þrjú stór verkefni þar sem nemendur keppa um að smíða gervigreindarlausnir.

Töluleg straumfræði (VÉL215F)

Markmið námskeiðsins er að kenna nemendum að nota tölvur við lausn flókinna varma- og straumfræðiverkefna. Farið verður yfir grundvallarjöfnur varma- og straumfræði og tekið fyrir jaðarlag og iðustreymi og líkangerð þeirra. Fjallað um grundvallaratriði endanlegs rúmmáls-aðferðarinnar og aðferð endanlegra mismuna. Lausnaraðferðir ólínulegra jöfnuhneppa og stöðugleikalausna.

Námskeiðið er kennt annað hvert ár þegar ártal endar á oddatölu.

Reiknirit í lífupplýsingafræði (TÖL604M)

Efni námskeiðsins eru helstu reiknirit sem notuð eru í lífupplýsingafræði. Í upphafi er stutt yfirlit yfir erfðamengjafræði og reiknirit fyrir nemendur af öðrum sviðum. Námskeiðinu er skipt upp í nokkrar einingar og er hverri ætlað að fara yfir einstök verkefni í lífupplýsingafræði sem mótast af rannsóknarverkefnum. Hver eining samanstendur af verkefnislýsingu og aðferðum sem beitt er við úrlausn. Viðfangsefnin verða m.a. mynstraleit, strengjafjarlægð, samröðun gena og erfðamengja, þyrpingagreining, raðgreining og myndun erfðamengja og að lokum aðferðir við úrvinnslu úr háhraðaraðgreiningar gögnum.