Miðbiksmat í lífefnafræði - Mahtab Hafizi

Doktorsnemi: Mahtab Hafizi

Titill verkefnis: Ofurfjölmótun umritunarþátta við endurmótun litnisagna kortlögð með staksameindatækni

Leiðbeinandi: Pétur Orri Heiðarsson, dósent við Líf- og umhverfisvísindadeild Háskóla Íslands.

Doktorsnefnd:  Dominika Gruzka, dósent við University of Oxford og Zophonías O. Jónsson, prófessor við Líf- og umhverfisvísindadeild HÍ

Ágrip

High-mobility group A (HMGA) próteinin endurmóta byggingu litnis íágengum krabbameinum, æxlum og stofnfrumum. Sameindaferillinn sem einkennir þessa endurmótunarvirkni er að mestu óþekktur en skilningur áhonum er nauðsynleg undirstaða þess að hægt verði að nota HMGA prótein sem lyfjamörk. Líkt og flest krabbameinstengd prótein skortir HMGA próteinin stöðuga þrívíða byggingu og þau einkennast þess ístað af mikilli innansameinda- óreiðu. Þvíer nær ómögulegt að nota hefðbundnar aðferðir til þess að skilja samband byggingar og virkni þessara próteina. Einsameindatækni með fljúrljómun er nýstárleg og öflug aðferð til þess að rannsaka óreiðukennd prótein, sérstaklega þegar kúpluð við kjarnasegulómun og tölvuhermanir. Með þessum aðferðum er mögulegt að ákvarða fjarlægðir og hreyfanleika í lífsameindum yfir breiðan tímaskala frámilljarðasta úr sekúndu til klukkustunda. Íþessu verkefni er ætlunin að rannsaka bindingu HMGA við litni með þvíað mæla breytingar sem eiga sér stað íbyggingu og hreyfanleika bæði próteina og DNA, og kortleggja þannig grunnskref þeirra víxlverkana sem leiða til endurmótunar litnis, eina próteinsameind í einu. HMGA próteinin hafa lengi verið talin möguleg lyfjamörk en mikil byggingarleg óreiða hefur staðið ívegi fyrir rannsóknum ásameindalegri virkni þeirra. Einsameindaaðferðir gefa okkur einstakt tækifæri til þess að afhjúpa eiginleika og víxlverkanir HMGA próteina við litni, og gætu að lokum leitt til þróunar nýrra krabbameinsmeðferða.