Fornleifarannsóknir setursins eru fyrst og fremst á sviði sjávarfornleifafræði, þ.e. rannsóknir á minjum á strönd og í nærsjó. Þar falla undir rannsóknir á minjum sem hafa tengingu við hafið, t.d. verstöðvum, hvalveiðistöðvum, verslunarstöðum og skipsflökum. Hingað til hafa rannsóknirnar verið að mestu á þorskfiskveiðum frá miðöldum, hvalveiðum útlendinga við Ísland frá 1600 og verslun Hollendinga á 17. og 18. öld.
Sjávarauðlindir við Ísland hafa alla tíð verið mikilvægur þáttur í efnahag þjóðarinnar og frá síðmiðöldum varð þorskur ein aðal útflutningsvara þjóðarinnar. Í upphafi 15. aldar hófu erlendar þjóðir, m.a. Englendingar, Hollendingar, Frakkar, Spánverjar, að sækja á Íslandsmið og stunduðu þessar þjóðir fisk- og hvalveiðar allt fram á seinni hluta 20. aldar.
Markmið fornleifarannsóka setursins er að fá betri sýn á hlutverki sjávarafurða í verslun og efnahag íslensku þjóðarinnar frá miðöldum og fram á nútíma. Sérstök áhersla er á mikilvægi sjávarafurða í þróun íslenskt samfélags og getu þess til að lifa af og dafna við umhverfisbreytingar svo og við samfélags- og pólitískar breytingar.
